تتركز تدخلات الصندوق في قطاع الصحة في 5 برامج رئيسة، هي توسيع وتحسين التغطية بخدمات الرعاية الصحية الأساسية، ودعم خدمات الصحة الإنجابية والأمومة والطفولة، وتعزيز النظم والسياسات الصحية، وتحسين التعليم الصحي الوسطي، وتحسين الوصول إلى خدمات الرعاية الصحية النفسية.

برنامج الرعاية الصحية الأولية

يهدف البرنامج إلى المساهمة في تحسين وتوسعة التغطية بخدمات الرعاية الصحية الأولية، وزيادة عدد مقدمي خدمات الرعاية الصحية الأولية، وتعزيز قدراتهم بهدف تحسين الخدمات المقدمة.. وذلك من خلال تحسين البنية التحتية للمرافق الصحية (الوحدات والمراكز الصحية) في المناطق الفقيرة والمحرومة، وتأهيل وتدريب الكوادر الصحية الوسطية قبل وأثناء الخدمة.

برنامج الصحة الإنجابية

يهدفُ هذا البرنامجُ إلى المساهمة في زيادة نسبة الولادات التي تتم تحت إشراف طبي، وخفض وفيات الأمهات والأطفال حديثي الولادة، من خلال بناء وتجهيز أقسام طوارئ التوليد الأساسية والشاملة ومراكز الأمومة والطفولة وتجهيز أقسام الخدج وحديثي الولادة،  وتدريب وتأهيل القابلات (لا سيما قابلات المجتمع) قبل وأثناء الخدمة، إضافةً إلى تدريب مقدمي الخدمات في مجال العناية بالخدج وحديثي الولادة.

برنامج تعزيز النظم والسياسات الصحية

يهدف هذا البرنامج إلى تعزيز القدرات الإدارية والمؤسسية لوزارة الصحة ومكاتبها في المحافظات من خلال دعم جوانب الإدارة الصحية والتخطيط الصحي، ودعم النظم الصحية كنظم المعلومات الصحية والخارطة الصحية والموارد البشرية الصحية، وتعزيز لامركزية الخدمات الصحية، وذلك في ظل وجود رؤية واضحة لوزارة الصحة في هذه الجوانب وتحت إطار الاستراتيجية الصحية الوطنية.

برنامج تحسين التعليم الصحي الوسطي

يهدف هذا البرنامج إلى تعزيز القدرات الإدارية والمؤسسية للمعاهد الصحية الحكومية من خلال دعم النظم التعليمية، وتعزيز القدرات الإدارية والفنية لكوادر المعاهد الصحية بالتدريب أثناء الخدمة، وذلك في إطار استراتيجية المعاهد الصحية، وفي ظل وجود رؤية واضحة في هذه الجوانب لدى وزارة الصحة وقيادة المعاهد الصحية.

برنامج الصحة النفسية

يهدف هذا البرنامج إلى المساهمة في توسيع وتحسين خدمات الصحة النفسية وفقاً لتوجهات الإستراتيجية الوطنية للصحة النفسية، وذلك من خلال إدماج خدمات الصحة النفسية في إطار الرعاية الصحية الأولية، إضافةً إلى تعزيز الصحة النفسية المدرسية، وخدمات الرعاية النفسية في المستشفيات ودور الأحداث ومراكز الإرشاد النفسي في الجامعات.